Σύμφωνα με το άρθρο 49 παρ.3 του Καν. (ΕΚ) 1083/06, η εκ των υστέρων (ex post) αξιολόγηση αποτελεί ευθύνη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής.

Κατά την εκ των υστέρων αξιολόγηση εξετάζονται ζητήματα, όπως

• η έκταση χρήσης των πόρων,
• η αποτελεσματικότητα και αποδοτικότητα του προγραμματισμού των Ταμείων και
• οι κοινωνικοοικονομικές επιπτώσεις από την εφαρμογή του προγράμματος
• προσδιορίζονται οι παράγοντες που συνέβαλαν στην επιτυχία ή την αποτυχία της υλοποίησης του Ε.Π. και
• εντοπίζονται οι ορθές πρακτικές

Η εκ των υστέρων αξιολόγηση είναι στρατηγικής φύσης, διεξάγεται από ανεξάρτητους αξιολογητές και ολοκληρώνεται το αργότερο μέχρι 31 Δεκεμβρίου 2015. Η διαχειριστική αρχή και η εθνική αρχή συντονισμού συνεργάζονται με την Επιτροπή για τη διενέργεια της αξιολόγησης παρέχοντας τα απαραίτητα στοιχεία.