Η αξιολόγηση κατά τη διάρκεια (on going) της προγραμματικής περιόδου είναι μια συνεχής διαδικασία που αποτυπώνεται με  τη μορφή μιας σειράς αξιολογήσεων.

Ο κύριος σκοπός της είναι να παρακολουθεί

• την εφαρμογή,
• την εκτέλεση ενός Επιχειρησιακού Προγράμματος, καθώς
• και τις αλλαγές στο εξωτερικό περιβάλλον του που μπορεί να επηρεάσουν την υλοποίηση του Ε.Π.,

με στόχο την καλύτερη κατανόηση και ανάλυση των εκροών και των αποτελεσμάτων που έχουν πραγματοποιηθεί και να οδηγήσει στη βελτίωση των μακροπρόθεσμων επιπτώσεων, καθώς επίσης και να συστήσει, εάν είναι απαραίτητο, διορθωτικά μέτρα. Με τον τρόπο αυτό υπογραμμίζεται η ανάγκη για ισχυρότερη σύνδεση μεταξύ παρακολούθησης και αξιολόγησης, καθώς  και των διαδικασιών λήψης αποφάσεων.

Στο πλαίσιο αυτό οι αξιολογήσεις κατά την διάρκεια της υλοποίησης των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων της περιόδου 2007-2013, θα αποτελέσουν μια διαδικασία μέσω της οποίας θα αναλύονται τα δεδομένα της υλοποίησης, θα γίνονται προβλέψεις για τη μελλοντική εξέλιξη των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων και θα διατυπώνονται συμπεράσματα και συστάσεις για την λήψη κατάλληλων μέτρων. Οι αξιολογήσεις αυτές εκπονούνται από ανεξάρτητους εξωτερικούς αξιολογητές (external evaluators).